Meus prediletos para ubuntu

Imagemagick para manipular imagens através de scripts (não vem por padrão)
inkscape para fazer desenhos vetoriais (não vem por padrão)
vim / gvim - já li em algum lugar que o ubuntu eddy não traz o vim e sim o vim-common (não vem por padrão)
potwiki um wiki para o vim (não vem por padrão)
xterm personalizado
recode - o ubuntu usa utf-8 e por isso às vezes temos que recodificar caracteres para evitar erros. (não vem por padrão)

Uns por leveza como é o caso do xterm ao invés do gnome-terminal, outros pela praticidade como é o caso do potwiki.